Die meisten dinge die mir bekannt sind mit 5.6 sind:

short tags auf on damit "<?" interpretiert wird (genauso wie "<?=" )
und das Modul php5-mysql sollte installiert sein.

das ist übrigens zutreffend für ALLE mir verfügbaren VMS Versionen:
https://original.lokutos.ch/vms/
der Server läuft mit debian 8 (php 5.6.17 aktuell)
alle VMS Scripte die da liegen sind abgesehen von der functions.lib mit den Datenbanken So wie wenn man diese hier runterlädt unverändert.