Warum das denn? Du sollst das ja nicht von Hand in jeder Datei einzeln machen
"Suchen & Ersetzen in Dateien..." heißt das Stichwort
Suchen nach dem Ausdruck:
"<?"
ersetzen durch:
"<?php"
Dann noch "<?phpphp" durch "<?php" ersetzen, und dann noch "<?php=" durch "<?php echo ".Ginge auch einfacher, wenn man beim Suchen reguläre Ausdrücke verwendet (also suche nach "<?" auf dass kein php folgt, usw.)
Unter Linux wüsstest du vermutlich wie das einfach geht, also benutzt du Windows?
Da kann das bspw. http://www.pspad.com/de/ (auch sonst ein ganz brauchbarer Editor finde ich), im Menü "Suchen" -> "Suchen/Ersetzen in Dateien..."
Da werden einem anschließend auch alle Ersetzungen angezeigt, so dass man das manuell prüfen kann.
Vorher natürlich: BACKUP machen.