Jetzt brauchst du doch eigentlich nur noch den lokalen Ordner auf deinen Server schieben und in der Sicherheitsabfrage Überschreiben wenn Quelldatei aktueller auswählen.

Immer davon ausgehend das die hochzuladene Datei lokal auf Funktion geprüft und die zu ersetzende Datei wiederherstellbar ist.