Grad nochmal nachgeschaut:
Im TotalCommander die beiden entsprechenden Ordner öffnen und dann Befehle > Verzeichnisse synchronisieren... anklicken.
Im sich daraufhin öffnenden Fenster (wenn erforderlich) den Unterschied zur Serverzeit einstellen, Unterverzeichnisse anschalten, zunächst Datum ignorieren einschalten und auf Vergleichen klicken.
Die gefundenen Pärchen markieren, per Rechtsklick auf eine der markierten Dateien Setze lokales Dateidatum auf entferntes Datum anweisen.
Ab jetzt kannst du Datum ignorieren anhaken und nach Zeit synchronisieren lassen.
Schau mal in den Einstellungen nach, mich dünkt dort kann man den Commander anweisen beim normalen Dateitransfer das entfernte Datum grundsätzlich zu übernehmen.

eaxo