Ich gehe mal von unterschiedlichen Dateisystemen aus. Die meisten einfachen Programme vergleichen schlicht die Dateigrößen, kümmern sich also nicht wirklich um den Inhalt. Die unterschiedlichen Dateisysteme von Linux und Windows lassen aber meines Wissens vollkommen identische Dateien unterschiedlich groß werden.

Ich habe recht erfolgreich mit dem TotalCommander nach Zeit synchronisieren lassen. Ich meine mich zu erinnern das ich dazu zunächst die kompletten Dateien auf meinem Windows mit dem Zeitstempel der Linuxdateien versah.

eaxo