Ok, von den Einstellungen ehr sieht das ganz normal aus, dass sollte an sich keinen DB Server überlasten.

Könnte höchstens noch sein, dass da ein unsinniger Query drin ist in der ausgabe.php, dazu müsste man die Datei bei dir jetzt natürlich kennen, denn afaik gibt es von der Shoutbox einige leicht unterschiedliche Versionen, oder du hast da selber was reingebaut.
Mysql has gone away
Kann dir dein Hoster da nichts näheres zu sagen?