Sowie ich das sehe, stört das Suchmaschinen kaum, schließlich optimieren sich Suchmaschinen auch, und Wikipedia bspw. oder gängige Wordpress rewrite rules verzichten ebenfalls auf Endungen (ausschlaggebend dürften eher Header&Inhalt sein für die Erkennung).
@Everlast:
wenn du die URLs nur 1 Ebene tief nutzt, dann würde ein umschreiben von href="? auf href="index.php? ausreichen, aber bei sowas wie url/intern/mediadaten würde das auch nicht mehr funktionieren.